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■解析フロー
■アプリケーション
  ●DNA シーケンス
 
【ゲノムシーケンス アプリケーション】
  ■ de novo シーケンス ( MiSeq / HiSeq )
配列未知の生物種を対象とした配列決定を行います。取得したリード配列をアセンブルし、コンティグ配列を取得します。さらにペアエンド/メイトペア解析によりスキャフォールド配列を得ることが可能です。 de novoアセンブルイメージ
  ■ リシーケンス ( HiSeq / MiSeq )

配列既知の生物種を対象とした配列決定を行います。取得したリード配列をリファレンス配列に対してマッピングすることで、SNP等の変異箇所をゲノムワイドに探索可能です。
リシーケンス マッピング イメージ


リシーケンス 変異候補リスト
クリックすると大きい画像が表示されます。
  ■ Amplicon (PCR 産物) 変異解析 ( MiSeq / HiSeq )
PCR 産物のプールシーケンスにより、高効率に特定領域のディープシーケンスを行います。
1%しか存在しない変異も検出可能な感度があり、低頻度 SNP の検出、同定が可能です。
  ■ メタゲノム解析( MiSeq / HiSeq )
微生物叢のゲノムDNA 配列を一度に取得します。
データ解析と併せて、微生物間の相互作用の網羅的解析を可能にします。
■ 群集解析( MiSeq )
環境・糞便などのサンプル中に存在する細菌の16S rDNA領域をユニバーサルプライマーで増幅、得られた16S rDNA Ampliconのディープシーケンスおよび取得データのBLAST検索により、群集解析を行います。
サンプルごとにインデックス配列を付加し、複数サンプルを一度にシーケンスすることも可能です。

illumina Miseq 微生物群衆解析 詳しくは こちら

あいのり解析プランもございます。詳しくは こちら

  ■ QTL シーケンス( HiSeq / MiSeq )

量的形質遺伝子座(QTL)は量的形質を支配する遺伝子の場所であり、DNAマーカー育種ではこのQTLの位置を確かめることが重要となります。
QTLシーケンス(QTL-seq)法は、次世代シーケンサーを用いることでDNAマーカーを作成することなく迅速にQTL同定を可能にする技術です(Takagiら,2013)。
DNAマーカーの連鎖解析を用いる従来のQTL解析法と比較して、QTL-seq法は迅速かつ低コストにQTLを同定できます。

■ RAD シーケンス( HiSeq / MiSeq )
RADシーケンス(Restriction Site Associated DNA Sequence:RAD-seq)は、次世代シーケンシング技術を用いた制限酵素認識サイト近隣領域を解析する手法です。
この方法ではゲノムを制限酵素で切断し、切断した部位から50-100bp程度のシーケンスを読み、SNPsを探索します。
RAD-seqにより得られたSNPマーカーは、遺伝子座間の距離の測定、高密度遺伝子連鎖地図の探索、QTLマッピングに用いることができます。
領域を限定してシーケンスするため、低コストで効率良く解析を行うことができます。

  【エピゲノム解析 アプリケーション】
  ■ ChIP シーケンス(HiSeq / MiSeq)
クロマチン免疫沈降法により得たDNA 断片をお預かりし、シーケンシングを行います。クロマチン免疫沈降法とシーケンシングを組み合わせることで、転写調節因子であるDNA 結合タンパクのゲノム上の結合部位の同定や、ヒストンメチル化などのクロマチン構造変化に代表されるエピジェネティックな修飾のゲノムワイドな網羅的解析が可能です。
  ■ メチル化(HiSeq / MiSeq)
DNAのメチル化はエピジェネティクスやクロマチンリモデリングなどを始め様々な生命現象に関わる重要な遺伝子発現の制御機構です。
遺伝子のプロモーター付近にはCpGアイランドと呼ばれるCpG配列が高頻度に存在しており、シトシン(C)のメチル化の有無による転写制御が行われています。
主にどのようなCpGアイランドがメチル化されているのかを解析するのがDNAメチル化解析であり、近年次世代シーケンサーを組み合わせたMet-seq解析が注目されています。
弊社では、次世代シーケンサーを用いたゲノムワイドな網羅的DNAメチル化解析や特定ゲノム領域のDNAメチル化解析など、目的に応じた解析方法をご提案いたします。
UCSC Genome Browser
アップロードイメージ
 
【ターゲットシーケンス アプリケーション】
  <Hybridizationベース>

■ Agilent SureSelect Target Enrichment System (Custom / Exome)
SureSelectは、ゲノムの配列の中で個々の研究者が着目している特定領域のリシーケンシングを、効率的に行うことができる独自の研究者用ツールです。1本のチューブで、最大 55,000種類のビオチン化RNAプローブを研究者ごとのニーズに合わせてご提供いたします。
読みたい配列だけを選んでシーケンスすることで、シーケンス時間、コストを劇的に削減し、データ解析を格段に効率化できます。

多検体を一度に調整・解析可能です。詳しくは こちら
   
 
  [ SureSelect DNA/RNA キャプチャキット ]
  キャプチャターゲットに対してプローブが既にデザインされたキットです。カタログから選ぶだけで簡単にご利用いただくことができます。既に多くの研究者の方々に利用され、その安定したキャプチャ性能が高い評価を得ています。
 
カタログ製品 特 徴 サイズ(Mb)
Human All Exon V6 最新の各種ゲノムデータベースに基づいたデザインで、最も高いエクソン網羅性をもっています。キャプチャプローブの位置と相対濃度を最適化することにより、従来キャプチャが困難とされていた領域もカバーし、かつキャプチャの均一性をさらに向上させ、変異コールの高い信頼性を実現しています。 58
Human All Exon
V6+COSMIC
上記V6ライブラリーのターゲット領域に、がん研究で重要性の高いCOSMIC領域を追加したデザインです。 64
Human All Exon V6+UTR 上記V6ライブラリーのターゲット領域に、UTRを追加したデザインです。 89
Clinical Research Exome 旧バージョンのHuman All Exon V5のコンテンツで、疾患に関連した4,704遺伝子(7.5Mb)のカバレッジを強化したデザインです。V5のコンテンツに新規の疾患関連領域とSNPsの4Mbを追加しています。エモリー大学とフィラデルフィアこども病院との共同開発製品です。 54
Focused Exome HGMD、OMIM、ClinVarのターゲットにフォーカスし、約5,700の体質性疾患関連遺伝子に対し均一性の高いカバレッジを実現するデザインです。 16
NCC oncopanel 国立がん研究センター先端医療開発センターTOPICS-1試験で使用されているNCC oncopanelを広くご利用いただけるようにカタログ化しました。成人固形腫瘍にゲノム異常が検出され、現在Actionableまたは将来の分子標的治療においてActionable候補となる遺伝子を対象としています。 0.93
ClearSeq SS
Comprehensive Cancer
ワシントン大学セントルイス校との共同開発製品です。幅広いがん種(乳がん、肺がん、大腸がん、AML等)に関連する151の重要ながん関連遺伝子を対象としています。 0.79
Mouse All Exon UCSCのmm9のReference配列をもとにEnsembleとRefSeqで定義されたエクソンにプローブがデザインされています。 49.6
Bovine All Exon University of Maryland build 3.1のデータベースをもとに、米国農務省と共同で設計したデザインです。Coding Exon、Predicted ExonおよびmiRNAを含みます。 54
Zebrafish All Exon EnsemblのZv9 libraryをもとに、Sanger研究所と共同で設計したデザインです。 75
※DNA/RNAキャプチャカスタムキットの詳細につきましてはお問い合わせください。
  [ 必要なサンプル量 ]
 
必要なサンプル量
サンプルタイプ 精製ゲノムDNA
生物種※1 ヒト、マウス、イヌ、ラット、ウシ、ニワトリ、
線虫、ショウジョウバエ、出芽酵母、
分裂酵母、シロイヌナズナ
必要量※2
SureSelect XT 5μg
SureSelect XT 2 5μg
濃度 100 ng / μl 以上
※1 弊社にて在庫を準備している生物種もございます。上記以外の生物種につきましても
  お問い合わせください。
※2 サンプル量が上記に満たない場合はご相談ください。


  ■ Roche SeqCap EZ Library (Custom / Exome)

SeqCap EZ Library( シークキャップ イージー ライブラリ)は、特異的にターゲット領域と結合するように設計
されたビオチン化DNA プローブにより、標的とする領域(ターゲット領域)を選択的に抽出し、濃縮するための
ツールです。
1本のチューブ内で必要な反応工程が完結するので、多数のサンプル処理にも適しています。
ヒトエクソームキャプチャー用の他に、研究対象のゲノム領域のみを指定してキャプチャーするためのカス
タム製品もございます。
SeqCap EZ Human Exome Library v2.0 ヒトゲノムの44Mbのエクソン領域を濃縮する試薬です。
SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 V2.0よりさらに均一的なシーケンスが得られるよう改良され、ヒトエクソン領域64Mbがカバーされるよう設計されています。
SeqCap EZ Choice Library 7Mbまでのヒトゲノムの任意ターゲット領域を濃縮します。
SeqCap EZ Choice XL Library 7〜200Mbまでのヒトゲノムの任意ターゲット領域を濃縮します。
SeqCap EZ Developer Library 7〜200Mbまでのヒト以外の生物種の任意ターゲット領域を濃縮します。
  ■ Illumina Nextera Rapid Capture Exome
Nextera Rapid Cpture Exomeでは、対象を絞り込んだ設計と、均一かつ特異的な濃縮により1サンプルあたり必要なシーケンス量がわずか4Gbとなっております。また、Nexteraベースの迅速なサンプル調製からはじまり、HiSeq2500/MiSeqの高速な次世代シーケンサーと組み合わせることにより、最小限の作業時間で終了できます。

Nextera Rapid Capture Exome Kit ヒトゲノム中の37Mbのエクソン領域を濃縮するキットで、サンプルあたりに必要なシーケンス量は4Gbです。
Nextera Rapid Capture Expanded Exome KIt エクソンに加えてUTR・miRNA領域を含む、62Mbを対象としています。
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit 0.5〜15 Mbのヒトゲノムの任意ターゲット領域を濃縮することができます。


  <Amplificationベース>

■ Agilent HaloPlex Target Enrichiment System
  ヒトゲノム対応のHaloPlexTM HSターゲットエンリッチメントシステムはPCRのスピードとハイブリダイゼーションによる選択的濃縮の利点を組み合わせることにより、1チューブで200,000ものアンプリコンを増幅する技術です。ターゲットエンリッチメントの過程で組み込まれる分子バーコードを利用して、アンプリコンシーケンスの変異コールの信頼性を飛躍的に向上させた、画期的なシステムです。FFPEサンプルにも適用いただけます。












  [ SureSelectとHaloplexの選択 ]
 
■ Illumina TruSeq Amplicon - Cancer Panel
TruSeq Amplicon - Cancer Panel(TSACP)は、重要ながん関連領域を網羅したアンプリコンシーケンスで、BRAF、KRASおよびEGFRなどの遺伝子をはじめ数百のがん関連ホットスポット領域をシーケンスします。短時間でゲノムDNAから変異解析結果を取得し、プロジェクトを完了させます。高品質データにより低頻度の変異も精度高く検出できる、独自のアンプリコン増幅とマルチプレックステクノロジーです。

多検体を一度に調整・解析可能です。詳しくは 詳しくは こちら
TSACPには、35kbを超えるターゲットゲノム配列中のホットスポットをシーケンスするためにデザインされたオリゴヌクレオチドプローブが含まれます。1本のチューブ内で行われる高マルチプレックスな反応により、48遺伝子中の212アンプリコンがターゲットとなります(表1)。
  ●RNA シーケンス
  【トランスクリプトーム解析 アプリケーション】

■ mRNA シーケンス( HiSeq / MiSeq )
精製したmRNA(poly(A)-RNA)の断片化、cDNA合成によりpoly(A)-RNAの配列を網羅的に取得します。
配列決定だけでなく、HiSeqでは個々のTranscriptを読んだ「リード数」による定量的発現解析、融合遺伝子解析も可能です。

mRNA-Seq 遺伝子発現量比較
クリックすると大きい画像が表示されます。
 ■ 「 マイクロアレイ 」 or 「 次世代シーケンス 」
    どちらを利用するか、お悩みの場合は、こちら をご覧ください。



■ small RNA シーケンス( HiSeq / MiSeq )

miRNA を含む低分子RNA を網羅的にシーケンスします。
既知small RNA の発現解析と併せ、ゲノムデータ
ベースの利用により新規のmiRNA 検索なども可能です。


           2 次構造予測例
マッピング集計結果: マッピング結果のグラフ化
■注意事項
  ※  製品の規格仕様・サービス内容などにつきまして、予告なしに変更することがあります。

※  受注後、実作業に入ってからのキャンセルはサービスの仕様上お受けいたしかねます。
やむを得ない場合は実作業分の料金をご請求させていただきます。

※  ご依頼いただくサンプルは、文部科学省の「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」(カルタヘナ法)におけるP1レベルのサンプルに限らせていただきます。

※  感染性のあるサンプル(HCV・HIVなど)の受け入れは弊社では行っておりません。また、ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。

※  本解析サービスは、試験研究を目的にご利用ください。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないでください。

※  本解析サービスにより得られた結果が原因となり生じた損失・損害等について、サービスの仕様上、責任を負いかねます。

※  ご提供・ご指示いただくサンプルや手法から生じる工業所有権・安全性などの問題については、一切責任を負いかねます。

※  ご提供いただくサンプルの保管および返却は行っておりません。予めご了承ください。

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