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■ de novo シーケンス（GS FLX+ / HiSeq2000）
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GS de novo Assembler Software
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配列未知の生物種を対象とした配列決定を行います。
次世代シーケンサーならではのハイスループットな解
析により、従来法に比べ高効率、且つ安価に対象
生物の塩基配列が得られます。
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■ リシーケンス（HiSeq2000 / GS FLX+）
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GS Reference Mapper Software
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配列既知の生物種を対象とした配列決定を行います。
取得したデータをリファレンス配列に対してマッピング
を行う事で、SNP 等の変異箇所をゲノムワイドに探索
可能です。
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■ Amplicon （PCR 産物） 変異解析
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PCR 産物のプールシーケンスにより、高効率に特定領域のディープシーケンスをおこないます。
1％しか存在しない変異も検出可能な感度があり、Rare SNP の検出、同定が可能です。
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■ メタゲノム解析
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群集解析（16S rDNA シーケンス： GS FLX+ 推奨）
環境・糞便などのサンプル中に存在する細菌の16S rDNA 領域をユニバーサルプライマーで増幅、得られた16S
Amplicon のGS FLX+ でのDeep-Sequencing および取得データのBLAST 検索により、群集解析を行います。
異なるサンプルにインデックスタグ（MID ： 上記） を付加することにより、複数サンプルを一度にシーケンスすることも可
能です。※16S 解析を含むAmplicon Sequencing は2011 年10 月現在、XLR70(4000bp) のみ対応となります。
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メタゲノムシーケンス（HiSeq2000 推奨）
次世代シーケンスサのハイスペックを利用して、微生物叢のゲノムDNA 塩基配列を一度に取得します。
データ解析と併せて、微生物間の相互作用の網羅的解析を可能にします。
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■ ChIP シーケンス（Illumina HiSeq2000 / GAⅡx 標準アプリケーション）
クロマチン免疫沈降法により得たDNA 断片をお預かりし、シーケンシングを行います。
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クロマチン免疫沈降法とシーケンシングを組み合わせることで、
転写調節因子であるDNA 結合タンパクのゲノム上の結合部位の
同定や、ヒストンメチル化などのクロマチン構造変化に代表される
エピジェネティックな修飾のゲノムワイドな網羅的解析が
可能です。
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UCSC Genome Browser アップロードイメージ
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【RNA シーケンス】
・mRNA シーケンス
- 配列決定（GS FLX+ / HiSeq2000）
- 遺伝子発現解析（HiSeq2000）
・small RNA シーケンス（HiSeq2000 / GAⅡx）
-small RNA 発現解析
- 新規miRNA 検索 等
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mRNA-seq 納品データ一例
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■ mRNA シーケンス
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マッピング集計結果： マッピング結果のグラフ化
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精製したmRNA （poly(A)-RNA） の断片化、
cDNA 合成によりpoly(A)-RNA の配列を網羅的に
取得します。
配列決定はもちろん、HiSeq2000 ではある
Transcript を読んだ「リード数」による定量的発
現解析も可能です。
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■ small RNA シーケンス
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miRNA を含む低分子RNA を網羅的にシーケンスします。
既知small RNA の発現解析と併せ、ゲノムデータベースの利用
により新規のmiRNA 検索なども可能です。
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2 次構造予測例
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