北海道システム・サイエンス  
★クラウドコンピューティングを利用した次世代シーケンシング解析開始！


DNAnexus公式HP

■SeqNova™ CSとは？ 　次世代シーケンス技術の急速な発展により、出力されるデータ量は想像以上に多くなってきています。膨大なシーケンスデータの解析やデータ管理、 また膨大な情報の中から 必要なデータを抽出するデータマインニングを、お手持ちのPCで処理することは困難になりつつあります。
　北海道システム・サイエンスがご提供するマッピング解析ソフトSeqNova™ CS(Cloud Server)は、アメリカのDNAnexus社との提携により実現いたしました。 WEBブラウザーからインターネットを介して次世代シーケンスの解析を行い、解析データの可視化を行うことで 、迅速かつ簡便にデータ解析・データマイニング を進めることができます。また、個人的な使用だけでなく、多数の研究者間でのデータ共有や 相互解析が可能となるため、大規模プロジェクトでの研究管理にも対応いたします。

■SeqNova™ CSの特徴 ・オンラインサービスであるため、強力な 解析マシンやソフトウェアのインストールは不要。
・インターネットがあればいつでもどこでもアクセス可能。
・独自の解析アルゴリズムによる、高い正確性と迅速性。
・多彩な解析オプションにより、様々な解析が可能。
・解析機能以外にも直観的なインターフェースによる閲覧・検索機能が充実。
・リレーショナルデータベースの採用による迅速かつ多様な解析が可能。
・強力なセキュリティーシステムを採用しており、安全で快適な解析が可能。
・1年間有効な解析サービスとデータ保存。
■Screencast
DNAnexus for sequencing centers
 DNAnexus - Genome browser features


■対応機種 Genome Analyzer,GAII/x/e, HiSeq1000/2000
  ABI SOLiDinstruments
■アプリケーション

・3SEQ: 複数配列の解析・比較

・RNA-seq:Transcript 発現解析

・ChIP-seq: 領域解析、ピーク解析

・Enrichment解析

・Exome解析

・変異解析

・Splice variant解析など

■解析の流れ
■解析例■
 
■リファレンスリスト
現在サポートしている　リファレンスリスト　2011.1.25現在
Name Assembly Organism Chromo
somes		 Size
A. actinomycetemcomitans D11S-1 aggAct_d11s_1 A. actinomycetemcomitans 2 2.14 Mb
(NC_013416.1)
A. thaliana (tair9) tair9 A. thaliana 7 119.67 Mb
(The Arabidopsis Information Resource release 9)
C. elegans (ce6) ce6 C. elegans 7 100.28 Mb
(WormBase v. WS190)
D. melanogaster (dm3) dm3 D. melanogaster 15 168.74 Mb
(BDGP Release 5)
D. rerio (zv8) zv8 D. rerio 27 1.52 Gb
(The Wellcome Trust Sanger Institute assembly Zv8)
E. coli B (REL606) ecoli_b_r606 E. coli 1 4.63 Mb
(NC_012967.1)
E. coli K-12 MG1655 ecoli_k_12_mg1655 E. coli 1 4.64 Mb
(NC_000913.2)
Enterobacter sp. 638 (ente638) ente638 Enterobacter sp. 638 2 4.68 Mb
(04/18/2007)
H. sapiens (hg18) hg18 H. sapiens 25 3.08 Gb
(NCBI Build 36.1)
H. sapiens (hg19) hg19 H. sapiens 25 3.1 Gb
(GRCh37)
Lambda phage lambda Lambda phage 1 48.5 Kb
(NC_001416.1)
M. mulatta (rheMac2) rheMac2 M. mulatta 22 2.86 Gb
(MGSC Merged 1.0)
M. musculus (mm9) mm9 M. musculus 22 2.65 Gb
(NCBI Build 37)
M. tuberculosis CDC1551 mtub_cdc1551 M. tuberculosis 1 4.4 Mb
(AE000516.2)
O. sativa (osa5) osa5 O. sativa 12 382.79 Mb
(IRGSP build 5)
P. aeruginosa (PAO1) paeru_pao1 P. aeruginosa 1 6.26 Mb
(NC_002516.2)
P. troglodytes (panTro2) panTro2 P. troglodytes 26 3.18 Gb
(Pan troglodytes 2.1)
Phi X 174 phix Phi X 174 1 5.39 Kb
(NC_001422.1)
S. cerevisiae (SGD Mar 2010) sgdMar2010 S. cerevisiae 17 12.16 Mb
(SGD March 2010 sequence)
S. coelicolor A3(2) (scoel_a3_2) scoel_a3_2 S. coelicolor 3 9.05 Mb
(AL645882.2)
S. epidermidis ATCC 12228 sepi_atcc_12228 S. epidermidis 7 2.56 Mb
(NC_004461.1)
Z. mays (B73 AGPv1) zm1 Z. mays 10 2.05 Gb
(B73 RefGen_v1)
■サービスの流れ

■ご依頼方法 事前に解析内容のお打ち合わせの上、ご依頼を頂きますようお願いいたします。 ご依頼受理後、折り返し
アップロード先などのご連絡を差し上げます。DVD等の記憶媒体に関しましては、下記あて先までお送りいただきますようお願い致します。
e-mail:
送付先：　〒001-0932　札幌市北区新川西2条1丁目2-1
　　　　　　北海道システムサイエンス株式会社
　　　　バイオ部シーケンスチーム　

■価格・納期
サービス内容（1サンプル当り） 価格（税別）
1年間解析し放題（価格は投入データ量により変動いたします） お問い合わせください

プロジェクト単位でのご依頼も受け付けております。
その他サービス詳細価格及び納期につきましてはお問合わせください。

■お問い合わせ
DNAnexusによる解析をご依頼いただく際は、事前にご相談下さい。
e-mail:
Tel: 011-768-5901

■注意事項
※ 製品の規格仕様・サービス内容などにつきまして、予告なしに変更することがあります。
※ 受注後、実作業に入ってからのキャンセルはサービスの仕様上お受け致しかねます。やむを得ない場合は実作業分の料金をご請求させて頂きます。
※ 本受託解析サービスにより得られた結果が原因となり生じた損失・損害等について、サービスの仕様上、責任を負いかねます。
　北海道システムサイエンス株式会社（本社：北海道札幌市、代表取締役社長　水谷幸雄）、株式会社IZM（本社：東京都千代田区　代表取締役 水谷隆之）、 株式会社ミラキュア（本社：東京都日野市、代表取締役 松﨑正晴）は、このたび「次世代シーケンスのデータ解析」のコンテンツならびにそのサービス提供の拡充に向けて、 ３社共同出資による有限責任事業組合、HIMパートナーズＬＬＰ（以下、HIM）を設立することで合意しました。
このたびのＬＬＰ設立は、新たなユーザーニーズを発掘し、満足度の高いサービスを提供するため、シーケンスデータ解析分野での事業充実を図ることを目的としたものです。

これにより、解析サービス全般にわたり、解析・提案から実施・運営までを一元的に推進することが可能になるため、さらなる解析市場の創出と付加価値の高いサービス 事業の実現を図ることができるものと考えております。

その第一弾として、米国DNAnexus社の開発したMappingの解析サービスに着手しました。
今後、HIMは次世代シーケンス解析サービスを基点とした新しい解析サービスを提案してまいります。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　2011．1　HIM Partners LLP
　　　
北海道システム・サイエンス株式会社

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